Второй Сезон

Сразу же после смерти Пожирателя, ниндзя оказываются перед их наиболее жесткой задачей еще: учебой Ллойда. Но они не имеют никакого места, чтобы должным образом обучать его. Угроза серпентинов всё еще существует, вместе с Лордом Гармадоном, который до сих пор обладает оружием ниндзя. Он использует оружие, чтобы превратить разрушенный Летучий корабль в Чёрный корабль, дом для серпентинов. Змеи отказались от Скейлза и решили служить Лорду Гармадону. После прибытия на Золотой Пик, Лорд Гармадон объединяет четыре оружия в одно Мега-оружие. Его цель состоит в том, чтобы уничтожить ниндзя, прежде чем они смогли закончить учёбу Ллойда, оставив пророчество зелёного ниндзя невыполненными, что позволило ему воссоздать Ниндзяго по своему образу.

Когда Meгa-оружие уничтожается Лорд Гармадон будет искать остров Тьмы, упомянутый в дневникекапитана Сото. Он и генералы серпентинов отправились в экспедицию, чтобы найти его. Скейлз предаёт Лорда Гармадона, и он оказывается на мели в середине океана, в то время как Скейлз возвращается в Уроборос в качестве нового Короля Змей. Когда музейный экспонат "сходит с ума", ниндзя прибывают, чтобы остановить его. По-видимому, яд Великого Пожирателя может принести каменных воинов к жизни. В то время как в музее, они находят маму Ллойда, Мисако, которая рассказывает ниндзя остальную часть истории на начало Ниндзяго.

Давным-давно, злой дух известен как Верховный Лорд окружает Ниндзяго темнотой, но получает поражение от первого Мастера Кружитсу. Однажды, Верховный Лорд создал свою армию несокрушимых каменных воинов, камень армии. Мастер Кружитсу знал, так что он разделил Ниндзяго пополам, оставив Каменную армию и её Лорда, с одной стороны, а мир и свет на другой. Лорд и его армия больше никогда никто не видел снова, пока серпентины (под руководством Скейлза) не сделали тоннель под городом, чтобы отомстить поверхностным обитателем. Под городом, они нашли гробницу, наполненную каменными воинами. Каменные воины были оживлены ядом Пожирателя, и они оставили серпентинов (казалось бы) в ловушке.

Жители города вынуждены бежать с ниндзя в укрытия вблизи океана. Герои на борту корабля отправляются на остров Тьмы, чтобы восстановить свои элементарные силы и победить Каменную армию, раз и навсегда. Верховный Лорд делает Гармадона королём его армии. Затем они строят своё абсолютное оружие. Ниндзя прибывают и, поподают в Храм Света, пытаются победить Гармадона. Тем не менее, Верховный Лорд берет тело Гармадона и начинает метаморфозы, и в бою ломает Ллойду ногу, и переходит к использованию Тёмной материи, чтобы превратить всех жителей города в зло, оставляя героев, оказавшихся на острове Тьмы. Ниндзя удалось покинуть остров, и Ллойд сталкивается с Верховным Лордом уже после окончания метаморфоз на крепости в Ninjago-Сити, освобождая власть золотого дракона и побеждает Лорда. Благодаря этому, Гармадон снова превращается в человека, и хотя работа ниндзя сделана, они по-прежнему всегда будут героями, готовые бороться со злом, когда необходимо.